De meeste tijd van het jaar, blijft het grootste deel van dit desolate gebied waterloos en door deze extreme droogte zijn grote zoogdieren er dus afwezig. Maar tijdens en na jaren van goede regens, vullen de twee grootste pannen – Sowa in het oosten en Ntwetwe in het westen – zich met water en trekt dit wilde dieren – zebra’s en gnoes op de grazige vlakten – en meest spectaculair, flamingo’s bij Sowa en Nata Sanctuary. Flamingo aantallen kunnen lopen in de tientallen en soms zelfs honderden!

Het regenwater dat naar beneden stort op de pannen wordt aangevuld met seizoensgebonden rivier vloed – de Nata, Tutume, Semowane en Mosetse rivieren in het oosten en in het jaar van de uitzonderlijke regenval, de Okavango via de rivier Boteti in het westen. Gedurende deze tijd, kunnen de pannen worden omgezet in een poeder blauw meer, het water zacht kabbelend aan de kusten, en spoelend over de kiezelstranden – een duidelijke indicatie van het gigantische, prehistorische meer dat de Makgadikgadi ooit was. Uit onderzoek blijkt dat de Makgadikgadi een overblijfsel is van wat ooit een van de grootste meren was die Afrika ooit heeft gehad.
In feite is het Makgadikgadi een reeks pannen waarvan de grootste de Sowa en Ntwetwe zijn, beide omgeven door een groot aantal kleinere pannen. Ten noorden van deze twee pannen zijn Kudiakam pan, Nxai Pan en Kaucaca Pan. Afgewisseld tussen deze pannen treft u zandduinen, rotsachtige eilanden, schiereilanden en woestijngebied. Vanwege de zilte ondergrond zult u niet veel vegetatie vinden. Alleen de randen zijn begroeid met graslanden en een aantal grote Baobab bomen.
De Makgadikgadi Pans Game Reserve heeft een oppervlakte van 3900 vierkante kilometer en omvat tevens de westelijke kant van Ntwetwe, met uitgestrekte graslanden en acacia bossen. Aan de noordelijke zijde grenst  het aan het Nxai Pan National Park, slechts gescheiden door de Nata – Maun Road.

Het Makgadikgadi National Park wordt minder druk bezocht dan de bekende parken in Botswana, maar sinds een aantal jaren dat de Boteti rivier weer stroomt is het park een fantastische plek om divers wild te spotten. Zelfs olifanten migreren weer ten zuiden van Maun en zijn zelfs al weer waargenomen in de Kalahari woestijn. Grote kuddes zebra’s en gnoes migreren tevens langs de Boteti en in de droge tijd is het rivierbed een spectaculaire arena waar jacht door leeuwen en luipaarden plaats vindt. Verder wild zoals de Gemsbok, Kudu, Bushbok, Duikers, giraffen en Rood Hartebeest bevolken het gebied. Kortom, zeker een aantal game drives waard! 
Mensen hebben sinds het stenen tijdperk de gebieden van de pannen bewoond en hebben zich aangepast aan de geografische en klimatologische veranderingen wanneer deze zich hebben voorgedaan. Archeologische vind plekken op de pannen zijn rijk met hulpmiddelen Early Man’s, en de beenderen van de vis en de dieren die hij at. Menselijke bewoning is doorgegaan met de huidige dag; en een aantal dorpen, waaronder Mopipi, Mmatshumo, Nata, Gweta en Rakops, bevinden zich aan de rand van de pannen.